Ngày 4/1/2006, Ủy ban Chứng khoán & Hối đoái Mỹ đã kiện McAfee với cáo buộc đã phóng đại doanh thu thuần của mình trong giai đoạn 1998–2000 lên 622,000,000 USD.[37] Không thừa nhận bất kỳ hành động sai trái nào, McAfee đồng thời giải quyết khiếu nại và đồng ý trả 50 triệu đô la tiền phạt và thực hiện lại các thông lệ kế toán. Tiền phạt là vì tội gian lận kế toán; được gọi là nhồi nhét kênh nhằm tăng doanh thu cho nhà đầu tư.[38]
Tháng 10/2006, McAfee sa thải chủ tịch Kevin Weiss,[39] và CEO George Samaneuk từ chức dưới bóng đen của một cuộc điều tra của SEC, cũng là nguyên nhân của sự ra đi của Kent Roberts, Tổng Tư vấn, vào đầu năm.
Vào ngày 21/4/2010, bắt đầu từ khoảng 14:00 giờ UTC, hàng triệu máy tính trên toàn thế giới đang chạy Windows XP Service Pack 3 bị ảnh hưởng bởi bản cập nhật file định nghĩa vi rút của McAfee, dẫn đến việc loại bỏ file hệ thống Windows (svchost.exe) trên các máy đó, làm cho máy bị mất quyền truy cập mạng, và trong một số trường hợp, rơi vào một vòng lặp khởi động lại. đã khắc phục lỗi này bằng cách xóa và thay thế tệp DAT bị lỗ, phiên bản 5958, với file DAT khẩn cấp, phiên bản 5959 và đã đăng bản sửa lỗi cho các máy bị ảnh hưởng trong cơ sở kiến thức người tiêu dùng của họ.[40][41] Trường y của Đại học Michigan báo cáo rằng có 8,000 trong tổng số 25,000 máy tính bị sự cố. Cảnh sát ở Lexington, Kentucky, đã dùng các báo cáo bằng tay và tắt cá thiết bị đầu cuối trên xe tuần tra để đề phòng. Một số nhà tù bị hủy bỏ thăm viếng, và bệnh viện Rhode Island đã chuyển các bệnh nhân không bị chấn thương ở các phòng cấp cứu và hoãn một số cuộc phẫu thuật tự chọn.[42] Siêu thị Coles ở Australia báo cáo rằng có 10% (1,100) các thiết bị đầu cuối ở các điểm bán hàng bị sự cố và phải đóng cửa các cửa hàng ở Miền Tây và Miền Nam.[43] Do sự gián đoạn, McAfee đã triển khai các giao thức QA bổ sung cho bất kỳ bản phát hành nào ảnh hưởng trực tiếp tới các tệp hệ thống quan trọng. Công ty cũng tung ra các khả năng bổ sung trong Artemis, cung cấp một mức độ bảo vệ chống lại những sai lầm sai lầm bằng cách tận dụng một danh sách trắng các fie hệ thống chuyển giao.[44]
Tháng 8/2012, một vấn đề cập nhật phần mềm McAfee antivirus cho các máy tính gia đình và doanh nghiệp đã tắt chức năng chống virút và trong nhiều trường hợp ngăn chặn kết nối Internet. McAfee đã bị chỉ trích vì chậm chạp trong việc giải quyết vấn đề, khiến các nhà mạng phải dành nhiều thời gian chẩn đoán vấn đề.[45]
